相关历史
在马六甲苏丹国（马六甲王朝）时代，在马六甲苏丹国时代，海上、港口法律与涉及外国和本地商人的税收结构有关，由财政大臣负责所有与税务有关事务，包括海关官员。
负责税收征管的是港务长，由国王赋予他执行港口法和规则的权力。
随着 1826 年海峡殖民地（包括新加坡、槟城、马六甲、纳闽岛和霹雳州）的建立，税务管理由总督和直接向政府负责的委员会监督。印度加尔各答总督由东印度公司董事会控制。对黄酒、棕榈酒、国产鸦片等征收消费税，对从中国进口的鸦片、烟草、烟酒、鞭等征收。
1904年颁布了一项名为《货物收入法令II》的新法规，目的是控制所有酒精饮料的进口税收入。
1907 年 1 月 1 日，设立了一个新的贸易和海关监察员职位。同日，在所有四个州立法委员会的批准下，一项名为《海关条例法案》的立法出台。
1908 年，贸易和海关监察员的头衔改为贸易和海关专员。
1918 年，新加坡、北赖（1919 年）和马六甲（1922 年）设立了征税站，为对火车带出的货物征收。
1937年，海峡结算海关和消费税部门正式成立为HM Customs and Excise。其后，海关又设立征税处和预防处，监督海关活动。
1938 年，为了遏制走私活动，引入了搜船行动。
1948 年，成立了Federation of Malaya Customs and Excise Drtment，由整个马来半岛（新加坡除外）组成。
1957 年 8 月 31 日海关的组织架构再次改组，以满足马来亚独立的需要。海关总署的行政工作由财政部领导，由一名向财政部长负责的海关审计长领导。
1963 年 9 月 16 日，海关行政结构再次改组，沙巴、砂拉越和新加坡加入马来西亚联邦。海关部门分为三个主要地区，即马来西亚半岛（当时称为西马）、沙巴和砂拉越，每个地区都由地区海关总长领导。
1972年，《1972年销售税法案》的税收立法在《政府公报》中被宣布为马来西亚第64号法律法案，并于1972年2月29日实施。该税称为销售税，是对所有进口及本地产品征收的税款，但根据1972年销售税(豁免)令获豁免的产品除外，或由根据1972年销售税(豁免)令获豁免领有牌照的制造商生产的产品除外。
1975年，政府推出了《1975年服务税法》的法律。这使该部能够向提供服务和货物的营业场所征收服务税，这些服务和货物是根据《服务税条例》附表2征税的。
1984 年 1 月 1 日生效的《机动车辆税法》的执行也有助于增加该部门的税收。随着执法，所有运送某些货物离开或进入该国的机动车辆，无论是否满载或空载，（除非那些被豁免）都将被征收。
1987 年，兰卡威宣布脱离主要关税区，成为马来西亚继纳闽之后的第二个自由港。
1995年，马来西亚皇家海关再次重组其架构。
1998年10月23日，时任财政部长的总理阁下在人民议会发表的1999年财政预算案中，宣布从1999年1月1日起对暴利征税，以帮助政府获得额外收入。
主要职责
- 征税；
- 为合法贸易提供便利；
- 促进贸易和产业发展；
- 维护国家经济、社会和安全利益。
组织
五司四部一院：执法司、合规管理司、海关司、国内税务司、管理服务及人力资源司、技术服务部、企业企划部、法务部、信息技术部、马来西亚皇家海关学院
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